1.毛细管色谱柱内径的选择
理论上，柱效率与半径平方成反比，半径越小分离效果越好，可是半径越小，色谱柱的使用困难越多，如要求仪器的灵敏度高、时间常数小、死体积小以及柱前压大等。而柱内径大则处理量大，但柱内径过大，将导致柱内径不能均匀的分布在色谱柱中。通常使用的毛细管柱内径可分为：0.53 mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm
0.53mm ：具有近似填充柱的负荷量，总柱效则远远超过填充柱。当达到同样的分离度时，0.53mm大口径柱的分析时间明显快于填充柱，可方便的采用柱上进样或直接进样技术，适合于分析不太复杂的样品，是填充柱理想的替代柱。
0.32mm： 柱效稍低于0.25mm常规柱，负荷量大于常规柱的60%，用特制注射针可做柱上进样。
0.25mm ：最常用的内径规格。有较高的柱效，负荷量较低，必须分流进样或无分流进样。用于复杂多组份样品分析。
0.20mm 柱效高,负荷量低，流失较小，适合与质谱等灵敏检测器联用。
2.毛细管色谱柱长度的选择
理论上，柱长越长，总柱效越高，可改善分离能力，短则组分馏出的快些。只有当分析样品十分复杂时，才需要选择长柱，柱越长，分析时间也越长，一般分离度增加一倍，柱长必须增长4倍。
5—12m 短柱：分离少于10个组份（不包含难分离物质对）的简单样品。
25—30m 中长柱：分离10—50个组份的样品。
50m 长柱：分离大于50个组份或包含有难分离物质对的复杂样品。
3.液膜厚度的选择
选择适当的液膜厚度就像选择适当长度一样重要，恰当的膜厚可以使组分得到更好的分离。
0. 1—0. 2μm 薄液膜
低负荷量，高温下流失较小，适合于高沸点化合物的分析，适于配高灵敏检测器。
0.25—0.33μm 标准液厚
一般商品柱的标准液膜。
0.5—5.0μm 厚液膜
较高的样品负荷量，在高温下流失较大，适于分析低沸点样品。